Proizvodi

Analiza događaja fosforilacije u cijelom proteomu i dalje je veliki analitički izazov zbog ogromne složenosti mreža fosforilacije proteina.U ovom radu procjenjujemo komplementarnost Lys-N, Lys-C i tripsina s obzirom na njihovu sposobnost da doprinesu globalnoj analizi fosfoproteoma.Rafinirana verzija jake katjonske izmjene niske pH vrijednosti korištena je za efikasno odvajanje N-terminalno acetiliranih, fosforiliranih i nemodificiranih peptida.Ukupno 5036 neredundantnih fosfopeptida može se identificirati sa stopom lažnog otkrivanja od <1% od 1 mg proteina korištenjem kombinacije tri enzima.Naši podaci su otkrili da je preklapanje između skupova fosfopeptidnih podataka generiranih s različitim proteazama bilo marginalno, dok je preklapanje između dva slično generirana skupa triptičkih podataka utvrđeno da je najmanje 4 puta veće.Na ovaj način, paralelna upotreba Lys-N i tripsina omogućila je povećanje broja detektovanih fosfopeptida za 72% u poređenju sa samim tripsinom, dok je eksperiment replikacije tripsina doveo do povećanja od samo 25%.Stoga, kada smo se fokusirali isključivo na podatke o tripsinu i Lys-N, identificirali smo 4671 neredundantni fosfopeptid.Daljnja analiza otkrivenih mjesta pokazala je da su setovi podataka Lys-N i tripsina obogaćeni značajno različitim motivima fosforilacije, što dodatno dokazuje da su multiproteazni pristupi vrlo vrijedni u analizama fosfoproteoma.