Proizvodi

Nedavno smo izvijestili da je pirenski nukleotid prvenstveno umetnut nasuprot abazičnog mjesta, 3'-T timinskog dimera i većine neoštećenih baza pomoću DNK polimeraze eta (poleta).Budući da je piren nepolarna molekula bez sposobnosti H-vezivanja, neobično visoka efikasnost umetanja dPMP-a pripisuje se njegovoj superiornoj sposobnosti slaganja baza, i naglašava važnost slaganja baza u odabiru nukleotida od strane pola.Da bismo istražili ulogu H-vezivanja i geometrije baznih parova u odabiru nukleotida po poletama, odredili smo efikasnost umetanja bazno modificiranih nukleotida 2,6-diaminopurina, 2-aminopurina, 6-kloropurina i inozina koji bi napraviti različit broj H-veza sa bazom šablona u zavisnosti od geometrije baznog para.Čini se da uparivanje Watson-Crick baza igra važnu ulogu u odabiru nukleotidnih analoga za umetanje nasuprot C i T, što se dokazuje smanjenjem relativne efikasnosti insercije sa smanjenjem broja Watson-Crick H-veza i povećanjem broj interakcija donor-donor i akceptor-akceptor.Selektivnost umetanja nukleotida veća je nasuprot 5'-T nego 3'-T timinskog dimera, u skladu s prethodnim radom koji sugerira da se 5'-T drži rigidnije od 3'-T.Nadalje, čini se da je umetanje A nasuprot oba Ts dimera posredovano Watson-Crickovim uparivanjem baza, a ne Hoogsteenovim uparivanjem baza na osnovu gotovo identične efikasnosti umetanja A i 7-deaza-A, od kojih potonjem nedostaje H- sposobnost vezivanja na N7.Relativna efikasnost za umetanje nukleotida koji mogu formirati Watson-Crickove parove baza paralelna je sa onima za Klenow fragment, dok Klenow fragment jače diskriminira nepodudarnosti, u skladu sa svojom većom selektivnošću oblika.Ovi rezultati naglašavaju važnost H-vezivanja i Watson-Crickove geometrije baznih parova u selekciji nukleotida i poleta i fragmenta Klenovog, te manju ulogu odabira oblika u umetanju od strane pola zbog njegove otvorenosti i manje ograničeno aktivno mjesto.